Ο Άγιος Νήφων γεννήθηκε στη Ρωσία και έγινε μοναχός στη Λαύρα των Σπηλαίων του Κιέβου κατά τους χρόνους του ηγουμένου Τιμοθέου. Μοναδικό μέλημά του είχε το στολισμό της ψυχής του με τις αρετές, γι' αυτό κοπίαζε στη νηστεία, την αγρυπνία, την προσευχή και την αυστηρή άσκηση.

Η φήμη της θεοφιλούς πολιτείας του δεν άργησε να ξεπεράσει τα όρια της Λαύρας. Έτσι, όταν το έτος 1130 ο Επίσκοπος του Νόβγκοροντ Άγιος Ιωάννης (τιμάται 7 Σεπτεμβρίου) παραιτήθηκε για να εφησυχάσει σε μοναστήρι, ο Άγιος Νήφων εξελέγη διάδοχός του.

Μόλις ανέλαβε τα καθήκοντά του φρόντισε για την ανέγερση ιερών ναών και επιδόθηκε με ιερό ζήλο στο κήρυγμα του Ευαγγελίου. Πολλές φορές επενέβη ειρηνευτικά στις διενέξεις των αρχόντων της περιοχής, που τότε βρίσκονταν σε συνεχείς διαμάχες και εμφύλιους πολέμους, προς το συμφέρον του λαού και ωφέλεια των ψυχών τους.

Κατά τους χρόνους της ποιμαντορίας του Αγίου Νήφωνος οι κάτοικοι του Νόβγκοροντ επαναστάτησαν και έδιωξαν τον ηγεμόνα τους Βσέβοβλοντ Μστισλάβιτς, καλώντας στην θέση του τον Σβιατοσλάβο Ολέγκοβιτς. Ο Σβιατοσλάβος, μόλις ανέλαβε την ηγεμονία, θέλησε να συνάψει παράνομο γάμο. Ο Επίσκοπος Νήφων, όχι μόνο αρνήθηκε να τον τελέσει, αλλά απαγόρευσε και σε όλους τους ιερείς της Επισκοπής του να επευλογήσουν την παρανομία.

Ο ηγεμόνας όμως δεν άλλαξε διάθεση. Εξανάγκασε κάποιους ιερείς, που είχε φέρει μαζί του όταν ήλθε στο Νόβγκοροντ, να τελέσουν το μυστήριο. Αλλά και μετά από αυτό ο Άγιος Νήφων δεν έπαυσε να στηλιτεύει με παρρησία τον Σβιατοσλάβο.

Ιδιαίτερα αξιοσημείωτη είναι η μέριμνα του Αγίου Νήφωνος για τη διατήρηση της κανονικής εξαρτήσεως της Ρωσικής Εκκλησίας από το Οικουμενικό Πατριαρχείο.

Όταν για άγνωστους λόγους ο Μητροπολίτης Κιέβου Μιχαήλ, αναχώρησε για το Βυζάντιο, ο ηγεμόνας του Κιέβου Ιζιασλάβος Μστισλάβιτς, υιός του μεγάλου ηγεμόνος Μστισλάβου Βλαντιμίροβιτς, συγκάλεσε Σύνοδο των Ρώσων Επισκόπων και τους πρότεινε να εκλέξουν Μητροπολίτη τον μοναχό Κλήμεντα (Σμολιάτιτς) τον Φιλόσοφο, χωρίς την έγκριση και ευλογία του Πατριάρχου Κωνσταντινουπόλεως. Στη θέληση του ισχυρού ηγεμόνος υπέκυψαν τα περισσότερα μέλη της Συνόδου. Ο Άγιος Νήφων δεν συμφωνούσε με κανένα τρόπο, ούτε ανεγνώρισε στη συνέχεια την εκλογή και χειροτονία του Κλήμεντος. Ο Ιζιασλάβος τότε απαγόρευσε στον Άγιο να επιστρέψει στην Επισκοπή του και τον περιόρισε στη μονή των Σπηλαίων.

Ωστόσο τον επόμενο χρόνο ο ηγεμόνας της Σουζδαλίας Γεώργιος ο Μονομάχος κατέλαβε το Κίεβο, έδιωξε τον Ιζιασλάβο και ελευθέρωσε τον Άγιο Νήφωνα. Ο δίκαιος Ιεράρχης επέστρεψε με τιμές στο Νόβγκοροντ.

Ο Άγιος Νήφων, λίγο πριν την οσιακή κοίμησή του, είδε σε όραμα τον Όσιο Θεοδόσιο των Σπηλαίων. Δεκατρείς ημέρες μετά, το Σάββατο της Διακαινησίμου του έτους 1156 μ.Χ., κοιμήθηκε με ειρήνη και ενταφιάσθηκε στη μονή των Σπηλαίων, δίπλα στα άλλα ιερά λείψανα των κεκοιμημένων Πατέρων.