Η Παναγιά η Θαλασσίτρια βρίσκεται στο Κάστρο, ακριβώς πάνω από τη Πλάκα, σε μια από τις ωραιότερες τοποθεσίες της νήσου. Είναι η προστάτρια των ναυτικών. Χρονολογείται στα 1738 μ.Χ. και κατά τη ανακαίνιση της ενώθηκε με το παρεκκλήσι της Παναγίας Ελεούσσας.

Πάνω από τη πόρτα διακρίνεται το οικόσημο των Κρίσπι (Δούκες της Νάξου). Οι περισσότερες εικόνες που κοσμούν την εκκλησία είναι έργα του γνωστού Μήλιου καλλιτέχνη Εμμανουήλ Σκορδίλη και των μαθητών του.